21 августа 2004 года постановлением Правительства РФ было утверждено Положение о Федеральной таможенной службе.
Согласно документу, Федеральная таможенная служба является федеральным органом испольнительной власти, осуществляющим функции по контролю и надзору в области таможенного дела, а также функции агента валютного контроля и специальные функции по борьбе с контрабандой, иными правонарушениями, отнесенные законодательством Российской Федерации к ведению таможенных органов.
Численность центрального аппарата службы сокращается на 268 единиц, численность территориальных органов без изменения. У руководителя Федеральной таможенной службы будет шесть заместителей, из которых один - первый. В структуре аппарата будет действовать 8 главных управлений (в настоящее время - 9).