Михаил Матафонов родился 28 декабря 1928 года в селе Алия Балейского района Читинской области. Окончил Читинский педагогический институт, показал себя активным комсоргом, руководил отделом в газете «Комсомолец Забайкалья». В 1955 году избран секретарём Читинского обкома комсомола, в 1958 году перешёл на партийную работу. В 1964 году - секретарь обкома КПСС, в 1971 году – второй секретарь Читинского обкома, в 1973-м - первый. Руководил областью до 1987 года, с 1987 года – пенсионер.
Неоднократно избирался депутатом Читинского областного Совета народных депутатов, депутат Верховного Совета. Делегат четырёх съездов КПСС, член ЦК КПСС трёх созывов. Избирался депутатом облдумы, заксобрания края.
Награждён орденами Ленина, Октябрьской Революции, двумя орденами Трудового Красного Знамени, орденом «Знак почёта», многими медалями, в том числе, Монгольской Народной Республики и КНДР. Почётный гражданин Читинской области.