В итоге в 2001 году предприятие заявило о банкротстве, а в 2002 году активы завода передали в уставной капитал новосозданной дочки ООО «Сретенский судостроительный завод». Какое-то время она жила строительством и ремонтом школ в ближайших сёлах и уже привычным производством мебели — для тех же школ.
В 2004–2005 годах завод обрёл новых крупных заказчиков: РЖД, «Ново-Широкинский рудник», «Читаэнерго», Харанорская ГРЭС, ЗАО «НТ ИССО», Читинский филиал «Сибирьтелеком», «Рудник Апрелково», «Урюмкан», «Многовершинное», «Электросетьстрой», «Забайкальскавтодор», «Читинавтодор», «Трансмагистралькомплект».
Несмотря на то, что предприятие имело лицензии на кучу разных направлений работы (производство и ремонт вооружения и военной техники, работа с тепловыми и электросетями, строительная деятельность), завод по большей части занимался всем, что подвернётся под руку: строительством домов, услугами по поставке тепла, питьевой и технической воды, очистке стоков. Тогда же часть цехов законсервировали.
В 2005–2012 годах завод участвовал в региональных инвестиционных проектах, однако в тот же период начал вязнуть в судебных исках. Всего завод накопил 361 миллион рублей долгов, в том числе и по налогам. С 2010 года на предприятие подали 50 судебных исков на общую сумму более 174 миллионов рублей, в основном о взыскании кредитов и долгов за электроэнергию и за срыв строительных работ, а также 176 исков о взыскании долгов по зарплате.
Последнее судно завод спустил на воду в июле 2013 года, для этого предприятию пришлось призвать бывших сотрудников-пенсионеров.
«Позвали меня поработать в 2013 году, потому что некому было ни красить, ни изолировать. Специалистов не было — позвали пенсионеров. Мы всем старым коллективом доделывали этот корабль. Выпустили и надеялись, что люди посмотрят на него и будут ещё давать заказы. Нет, заказов больше не поступало, а завод продолжал разваливаться. Сейчас те, кто может, работают вахтами. А у кого силы воли нет, те запили», — рассказала бывшая работница Людмила Кузнецова.
После этого завод продолжил строить дома в Кокуе и ближайших посёлках до тех пор, пока один из таких проектов не вскрыл новые факты — администрация Кокуя незаконно отдала заводу
32-миллионный контракт, а когда предприятие не смогло выполнить его до конца, власти ничего не предприняли, а просто перевели застройщику всю сумму, переплатив 6,6 миллиона рублей. Так было до 2017 года, пока прокуратура не завела уголовное дело на главу администрации Кокуя. После этого завод не взял ни одного госзаказа.
22 февраля 2020 оперативники
обыскали дом директора Сретенского судостроительного завода Петра Похитонова. Его обвиняли в сокрытии средств от налогов.
Последний иск о банкротстве (всего их было четыре с 2005 года) поступил 16 марта 2021 года — тогда за предприятием наблюдали, имущество всё ещё пытались сохранить, но уже с 1 июля 2021-го конкурсный управляющий начал продавать оборудование завода на торгах.